В винде
Пкм в нужном месте => Создать папку
Ты можешь запускать ноду из любого места через консоль,
mkdir Project1 && cd Project1
touch app.js
node app.js
Если вопрос по части кможет ли нода создавать директории то да может, при условии если у неё будут права на эту секцию