Как устроены внутри облачные диски?
Разные диски устроены по разному.
Одинаковые файлы у разных пользователей на самом деле у них хранятся в одном месте и только ссылки стоят на юзеров у которых к ним есть доступ?
Такие фокусы используются для экономии места в некоторых случаях. Это называется дедупликация на уровне файлов. В некоторых может использоваться тот же метод но на уровне блоков, а не файлов.
А как именно реализовано в конкретном случае - знают только владельцы и админы конкретного сервиса.