Коллеги, мне кажется Вы забываете об уровнях изоляции.
PHP ini подгружается не в самом php, а в apache, соответственно при обработке .htaccess он имеет бОльший приоритет.
Соответственно в ini_get Вы получите те значения, которые действуют в момент вызова ini_get в рамках данного хита.
Примечание: не все значения можно переопределить в .htaccess (например mbstring.func_overload)