Yii старается предоставить универсальный интерфейс для работы с любой СУБД, поэтому учитывает только их общие особенности. sequence - это индивидуальная особенность некоторых СУБД, и в таких СУБД как MySQL, sqlite их попросту нет. Соответственно стандартных инструментов для создания sequence в Yii нет, и необходимо все прописывать ручками в виде SQL