Сейчас разработчики пишут портал
Вот у разработчиков и спрашивайте, какую СУБД они лучше знают. И админов своих спросите, какую СУБД те лучше знают. DBA у вас явно нет, иначе вопрос бы так не стоял.
Сам headhunter использует postgresql. Но там и своя команда админов классная, и вдобавок опытная команда DBA моих нынешних коллег, специализирующихся именно на postgresql.
Я достаточно хорошо знаю обе СУБД с точки зрения разработчика, но не умею админить mysql, так что моё мнение будет предвзятым.
Если делаете коммерческий проект - то используйте ту СУБД, которую лучше знает ваша команда. Если разработчики попрятались за своими ORM'ами и носу не заглядывают в базу - то без разницы, в таких условиях любая СУБД будет работать одинаково плохо. Если же хоть кто-то в команде понимает, что надо делать с базой - доверьте выбор ему и поинтересуйтесь о причинах выбора.