Очисткой памяти должен заниматься GC.
В приведенном примере очистка памяти происходит после `delete y[key]` (точно сказать когда это происходит нельзя - это свойство GC).
Вот тут есть обсуждение этого вопроса
https://github.com/nodejs/node-v0.x-archive/issues/2995 и ссылка на модуль для очистки памяти из-под буферов, но ИМХО, если есть потребность в таком модуле, то что-то пошло не так архитектурно. Надо оптимизировать работу с памятью, или, если нет возможности, увеличить лимит выделяемой памяти (если, конечно, система позволяет).