Короче, вышел из ситуации пока таким образом: в конец файла Config/autoload.php добавил код
spl_autoload_register(function($class) {
if (substr($class, -5) == 'trait') {
require_once (__DIR__ . '/../traits/' . $class . '.php');
}
});
Так как автозагрузчики стакаются, то рано или поздно этот тоже выполнится, а так как до этого понятия трейтов в проекте вообще не было, то конфликтов возникнуть не должно.