order = ['а', 'б', 'в'];
list = ['в', 'ю', 'а', 'б', 'г', 'д', 'а'];
list.sort((a,b) => {
if (order.indexOf(a) == -1 && order.indexOf(b) == -1) return -1;
if (order.indexOf(a) == -1) return 1;
if (order.indexOf(b) == -1) return -1;
return order.indexOf(a) - order.indexOf(b);
});
console.log(list);