Для начала:
1) Выполнялись ли агенты на хитах или на кроне? Может быть кто-то начал перенос агентов на крон и не закончил перенос.
2) Определены ли константы: BX_CRONTAB_SUPPORT и BX_CRONTAB ? Может быть агенты были на хитах и кто-то определил константы и не перенес на крон. Или наоборот определил константы, без параметров ниже.
3) Какие значения заданы у agents_use_crontab и check_agents ?