В view, где нужен тот или иной js, не зависимо модуль это или нет, можно поступить так:
$this->registerJsFile('/url/to/file.js');
Вот только модули обычно лежат за пределами публичной папки и AssetsManager как раз и нужен, что бы взять файл из не публичной папки и опубликовать в публичной, что бы потом к нему url был. А если у Вас модуль имеет файлы за его пределами, то это странный модуль и не совсем понятен смысл оформления его логики, как модуля. Есть подозрение, что Вам просто лень разбираться с assets. Но это быстрее, чем придумывать костыли. Тут еще момент. Модуль не должен js подключать. Подключать js должен виджет и в нем есть для этого инструментарий. А вот виджет может быть частью модуля или его зависимостью.