В общем решил проблему сам же, но немного костыльно по-моему. Заставил работать плагин copy-webpack-plugin, но в настройках прописал копирование каждого файла темы по отделбности, хотя он вроде как может копировать все что есть по пути в from с испольщованием шаблонов пути minimatch.
plugins: [
new CopyWebpackPlugin([
{
context: path.resolve(__dirname),
from: './src/styles/bootstrap-theme/bootswatch.less',
to: path.resolve(__dirname, './node_modules/bootstrap/less/bootswatch.less'),
},
{
context: path.resolve(__dirname),
from: './src/styles/bootstrap-theme/variables.less',
to: path.resolve(__dirname, './node_modules/bootstrap/less/variables.less'),
},
],
{
//debug: 'debug'
})
]
Еще пока искал решение наткнулся в официальной документации что
webpack прекрасно интегрируется в gulp