mvс я разрабатываю еще.
но зачеееем?
значит вам самому недостаточно вашей структуры, раз есть запасная помойка для всего остального треша.
И папка App есть, и core, и Models.
И всё на одном уровне лежит.
Если уже App, то внутри App лежат модели и код ядра приложения.
Но в целом это бессмысленно даже анализировать, просто зачем это делать?
Хотите универсальный сайт используйте wordpress.
Эта универсальная структура в каждом новом проекте будет только мешать и переделываться постоянно, в итоге времени только больше занимать..
Хочется нормально, берите фреймворк с четкой структурой, действительно универсальной и продуманной до мелочей, без папок other-code-stuff.