Если ненужные записи в разрезе логов = все старые логи, то делаете партицирование по дате. Ненужные более старые данные в будущем дропаются целиком всем разделом, просто и без длительных блокировок.
2) Конвертируем таблицу (НЕ БАЗУ) в MyISAM (ALTER TABLE .... ну я просто поменял тип базы в "Операции" над таблицей), оптимизируем MyISAM таблицу.
3) Конвертируем обратно в InnoDB (так же через phpMyAdmin).
Блокировка записи на всё время перестроения. И, емнип, alter table tablename engine=innoodb; (даже если таблица уже в innodb) спровоцирует копирование таблицы с сопутствующим сжатием неиспользуемых пространств. Т.е. конвертирование в myisam избыточно.
А так можно поиграться с созданием новой таблички идентичной старой, копированием через insert select в неё нужных данных, затем копированием актуальных данных и финальным rename и докопированием того что попало в старую табличку до rename. Это не сложно, если табличка именно логов - т.е. только insert и select. Если есть update или delete то надо опять же извращаться. Или согласовывать простой.