Массовый INSERT всегда лучше multi_query. Хотя multi_query из нескольких таких INSERT’ов имеет право на жизнь.
Выигрыш по времени незначителен и сводится к тому, что разбор выражения происходит единожды. Сервер всё равно выполнит запросы один за другим.
Но multi_query может быть хорош, когда надо запустить несколько модифицирующих запросов (INSERT, UPDATE, DELETE) один за другим. Просто код смотрится лучше.
Когда в SQL-коде много подстановок, стоит обратить внимание на prepare. Это безопаснее и позволит использовать кэш компилированных запросов.