Ищите того кто удаляет данные. Скорее всего это чьих-то рук дело.
Вряд ли сам Excel додумается что-то удалять.
У Excel есть, конечно, свои тараканы, но ваш случай точно не из их числа.
PS: можно защитить лист и установить запрет удаления строк и столбцов, но это не спасет от удаления данных в ячейках.