Всё зависит от вашего сервера и ПО, конфигурируется по разному для nginx, apache или своего приложения.
Если просто вам нужно положить доверенный сертификат, то можно его кинуть в /etc/ssl
Если же вам нужно работать через свой сертификат, то все зависит от типа веб-сервера.
Для nginx например так -
https://www.digitalocean.com/community/tutorials/h...