Если я правильно понял, вам нужен инструмент который в конкретный момент сделает перенос БД с данными на другой сервер/движок. Грубо говоря, сейчас у вас все работает на MySQL, завтра вам дали отмашку - идем на PostgreSQL и на Орасле. А вы - тык и переехали.
Так вот, я нормально работающего такого инструмента не видел. Есть куча, без спорно, но во-первых, большинство желает денег, и, во-вторых, на больших данных часто лагает и просит вмешательства пользователя.
Сам я писал инструмент "перегона" схемы и данных с MSSQL <=> PostgreSQL <=> MSSQL. При этом, данный инструмент только перегонял данные. И там были проблемы, у того же PostgreSQL не отключается проверка внешних ключей, и, соответственно, перегонять схему нужно крайне аккуратно и не в алфавитном порядке.
Пример еще одной проблемы - да больших данных у меня все ложилось и замерило на долгое время (хотя гнал пачками по настраиваемому количеству записей и т.п.).
Схемы БД я переносил другими инструментами, тут вам Liquebase или самописное развертывание схемы из Hibernate.