// разрешить теги <style>
CKEDITOR.config.protectedSource.push(/<(style)[^>]*>.*<\/style>/ig);
// разрешить теги <script>
CKEDITOR.config.protectedSource.push(/<(script)[^>]*>.*<\/script>/ig);
// разрешить php-код
CKEDITOR.config.protectedSource.push(/<\?[\s\S]*?\?>/g);
// разрешить любой код: <!--dev-->код писать вот тут<!--/dev-->
CKEDITOR.config.protectedSource.push(/<!--dev-->[\s\S]*<!--\/dev-->/g);
CKEDITOR.config.allowedContent = true;