Они появились во времена когда не было cli, и причем как правило на базе какого-нибудь обучающего курса.
Когда ангуляр официально зарелизил стайл гайд от john papa, то проще и продуктивнее стало изучить его и работать с cli. Сейчас я беглым взглядом проглядел сид проекты, вроде порядок навели в архитектуре, но нет. :)
Полезнее понять почему именно так а не иначе рекомендуют делать ребята с ангуляра, тем более cli почти все потребности покрывает (достаточный уровень кастомизации как для разработки, так и для продакшен билда). Почему пользуются до сих пор? Привычка - вторая натура ;)
p.s.
https://angular.io/guide/styleguide и вперед