Если совсем нативное, то можно попробовать какие-нибудь плагины для gulp'a, типа
gulp-file-include, gulp-html-extend и т.д.
Если же смотреть из шаблонизаторов, то советую
Pug
(бывший Jade): широко распространен, используется по умолчанию в Express, умеет все, что должны уметь шаблонизаторы.