Один из вариантов - это воспользоваться утилитой
Mondo Rescue, которая специально создана для резервного копирования и клонирования серверов.
Она бесплатная, с открытым исходным кодом, позволяет легко создать полную копию всего Linux сервера в формате ISO на CD, DVD, USB, HDD или NFS. А также позволяет быстро восстановить данную копию на свой сервер. При необходимости можно выбрать восстановление лишь отдельных файлов.
Основной плюс данной системы - это простота использования, создать полный backup сервера можно не прерывая его работу.