Делал на двух таблицах, просто добавляете сообщение для каждого пользователя, обычно для двух указывается id_from, id_to, message, только теперь вам необходимо будет для каждого избранного добавлять записи. Однако в таком случае новым членам переписки не получится прочитать сообщения, которые были отправлены до их появления в чате. В моем случае по ТЗ этого не требовалось, работает пока так.