Технически реализовать не сложно. Пишите скрипт по 1) выгрузке файлов из "доработанной базы" и "связанных баз", 2) далее замене файлов общих для всех баз объектов в каталогах выгрузки из "связанных баз", 3) загружайте файлы назад в связанные базы.
Единственное, что вам нужно взять во внимание (кроме отслеживания логической целостности конфигурации) в этой схеме - нельзя делать загрузку файлов в базу, которая подключена к хранилищу. Если вам так сильно нужно вносить изменения именно в хранилище (внешние системы контроля версия типа GIT по какой-то причине не подходят), то вам нужно использовать промежуточные базы и цепочка в скрипте увеличивается: 0) обновиться с хранилища, 1) тот же, 2) тот же, 3) тот же но в промежуточную базу, 4) выгрузка из промежуточной базы единого файла конфигурации CF, 5) захват конфигурации в хранилище, 6) сравнение/объединение базы подключенной к хранилищу с полученным на предыдущем шаге файлом (не уверен, что это можно сделать скриптом - возможно нужно будет явно пощелкать мышкой).