Экземпляр самого Vue один, блоки по смыслу на компоненты разносите. Несколько экземпляров имеет смысл делать только если из всего проекта вы собираетесь переделать на vue пару страниц и остальной код никогда в vue не загонять (да и то нежелательно, так как в будущем либо мнение поменяете, либо кто-то другой, кто будет после вас проектом заниматься решит так сделать и вас проклянет). Сам с этим встретился в одном проекте. Плюс, если решите потом SPA сделать из своего приложения, то к нескольким экземплярам vue роутер не сможете прикрутить. Ну и сразу ориентируйтесь на то, какие данные будут в нескольких компонентах использоваться и изначально берите их из vuex (хотя для многостраничного приложения это не особо актуально).
