Я сначала читал вот эту книжку, для базового понимания js
https://learn.javascript.ru/, но когда я ее читал я вообще не понимал как мне это может пригодится на практике.
Узнав основы js я параллельно начал изучать библиотеку jquery вот по этому ресурсу
anton.shevchuk.name/jquery
и прочитал книжку этого же автора
anton.shevchuk.name/jquery-book
После комплексного изучения я стал немного понимать для чего нужен js и что он может и что сам jquery это просто библиотека, т.е там описаны функции на javascript языке для упрощения манипуляций c DOM деревом.
Сейчас все больше погружаюсь в изучение самого js пробую писать на нем табы слайдеры и т.д.
Ну а реальном проекте я думаю не надо заморачиваться и лучше использовать jquery но js знать обязательно.
Так, что изучайте комплексно, начните с азов js а дальше, чтоб скучно не было jq и за одно поймете, что можно делать с этим.
Когда уже освоитесь можно будет продолжить изучение нативного js