Кнопки передаются массивом массивов.
PHP-код для примера (для Python адаптируете без проблем):
$button1 = array('text' => 'Сайт', 'url' => 'https://......ru'); // одна кнопка в первом ряду
$button2 = array('text' => 'VK', 'url' => 'https://......ru'); // первая кнопка во втором ряду
$button3 = array('text' => 'FB', 'url' => 'https://......ru'); // вторая кнопка во втором ряду
$keyboard = array('inline_keyboard' => array(array($button1), array($button2, $button3)), 'one_time_keyboard' => true, 'resize_keyboard' => true);
Просто передавайте массив нужного формата и экспериментируйте с resize_keyboard.