Поскольку `navigator.sendBeacon` – всего лишь способ отправлять HTTP-запросы (причем еще и без обработки ответов), то отлаживать его проще всего, подменив HTTP-сервер, принимающий эти запросы.
Если есть возможность изменить protocol и hostname в целевом URL – идеально: можно перенаправить запрос на localhost или любой другой домен, на котором поднять простенький HTTP-сервер на чем угодно (Node / Python), логирующий приходящие запросы в stdout или в файл.