https://docs.mongodb.com/manual/core/sharding-shar...
1. Для коллекции, которая разбита на шарды уникальными в пределах всей коллекции будут _id, shard key и составной индекс, в котором shard key является префиксом (первым значением в составном индексе)
2. Создать уникальный индекс, если коллекция пошардена - не получится.
3. Пошардить коллекцию, если есть уникальный индекс - не получится.
Не уверен, но предполагаю, что это связано с тем, что для того, что бы вставить новую запись в пошарденную коллекцию при наличии уникального ключа придется обратится к каждому шарду и узнать какие значения есть для данного поля в каждом шарде. А это может быть дорого. Что касается shard key и _id они, скорее всего, обрабатываются на mongos, перед отправкой запроса на добавление в определенный шард - по-этому гарантируется их уникальность.
Для коллекции, которая не пошардена уникальные ключи поддерживаются.
Простой
Средний
