Можете воспользоваться
Sypex Dumper.
Там выбираете нужную базу, в списке объектов нажимаете на чекбоксе Таблицы, черный квадратик в чекбоксе значит, что будет скопирована только структура, а потом сделайте пару кликов по чекбоксу нужной таблицы которую нужно бэкапить полностью. После чего нажмите Выполнить. К примеру на сриншоте у всех таблиц дампятся только структура, а jl_associations — полностью.
Если при восстановлении таблицы с данными не хотите удалять таблицу, и создавать её заново. Можете воспользоваться Стратегиями восстановления INSERT IGNORE (чтобы в таблицу добавились только новые данные), либо REPLACE (чтобы данные из дампа заменили данные в базе).
Если вам такой дамп нужно делать регулярно, то нажмите Сохранить, после чего задачу можно выполнять из выпадающего меню Экспорт. Либо по крону.