Сделать 3 таблицы если в категориях храним не только названия, а допустим еще описание.
В первой хранить статьи:
id | name | content | ...
Во второй хранить категории:
id | name
В третьей связать их:
id | article_id | category_id
Если для категорий храним только название,
то делаем 2 таблицы.
В первой храним статьи:
id | name | content | ...
Во второй храним категории для статей:
id | | article_id | category