Допустим, на кнопку стоит обработчик .click(), при срабатывании его появляется элемент, как лучше его добавлять на страницу? append() его именно добавит, но можно добавить этот элемент в html заранее со свойством display:none и при клике чтобы свойство сменилось на display:block и элемент тоже будет виден.
Как лучше делать в этом случае? (или нету разницы?)
Если можно обойтись сменой классов CSS, то меняйте классы, это проще. Если надо вносить изменения в DOM, то смело вносите. А кудахтанье про дороговизну операции не принимайте близко к сердцу. Это как споры ++i или i++, все пишут как хотят.
MaxKorz: сайты на мобильных с 8ю ядрами тормозят не из-за манипуляций с дом, а в первую очередь из-за плохой верстки, не оптимизированных картинок и ненужных скролл-эффектов (плавная прокрутка).