Использую уже 3й год XWiki
https://habrahabr.ru/post/279101/
Если будет интересно, то могу в личку дать ссылку на скачивание настроенного дистрибутива, сейчас уже актуальна версия 9.3.1 которая существенно продвинулась дальше по удобству и возможностям. В принципе можно запускать и JS, но это делается через objects, т.е. потребуются права, остальные поддерживаемые скрипты запускаются из тела текста страницы. На мой взгляд из всех бесплатных wiki-движков имеет самый удобный и дружелюбный интерфейс для пользователя, самые широкие возможности, если чего-то нет, то пишется плагин или устанавливается плагин, с недавних пор стали появляться платные, но их пока целых 2 шт.
Разметка кода:
extensions.xwiki.org/xwiki/bin/view/Extension/Code...
Удобный ввод текста:
extensions.xwiki.org/xwiki/bin/view/Extension/CKEd...
Так же есть возможность интеграции с ОпенОфисом
Местный синтакс:
extensions.xwiki.org/xwiki/bin/view/XWiki/XWikiSyntax
XWiki — это вики второго поколения, написанная на на языке Java, лицензия распространения LGPL, функциональность включает в себя блог, инструменты API, комментарии, аутентификацию по LDAP, экспорт страниц в PDF. Так же есть возможность программирования скриптов (Velocity, Groovy, Python, Ruby and PHP) и поддержки синтаксиса популярных Вики-движков (Confluence, JSPWiki, Creole, MediaWiki, and TWiki). Используется многими компаниями по всему миру. 25 языков интерфейса, включая русский.
www.xwiki.org