Сие странно. Ведь, как раз на 443 порту виртуальные хосты должны работать как один виртуальный хост, т.к. браузер по https протоколу не отсылает заголовков ServerName.
Посмотрите конфиг. Из мануала
NameVirtualHost *:80
<VirtualHost *:80>
ServerName localhost
ServerAdmin mymail@mysite.ru
DocumentRoot "/Users/USERNAME/sites"
ErrorLog "/Users/USERNAME/sites/error.log"
<Directory "/Users/USERNAME/sites">
Options Indexes FollowSymLinks
AllowOverride All
Order allow,deny
Allow from all
</Directory>
</VirtualHost>