1| Транспорт | category
2| Новые авто | subcategory
3| Недвижимость | category
4| Квартиры | subcategory
5| Дома | subcategory
Таблица ads:
1|5|1|16012013|2|Продаю ВАЗ 2106
где:
1 - id обьявления.
5 - id региона, которому соответствует например Москва
1 - id usera, например Иван Петров.
16012013 - дата
2 - id категории (и пофиг что это субкатегория, выбор категорий - другое окно, главное его id)
Примерно так, в голове продумай как должно у тебя всё выглядеть, какие разделы, функционал и т.д.
UPD:
Кошерная структура базы данных сайта объявлений? вот был подобный вопрос. Может поможет.