Как вариант
1) Ctrl + Shift + F
2) В Find пишем .
3) В строке посередине полный путь к каталогу с css-ками (подкаталоги находятся автоматически)
3) В строку Replace пишем .r-
ОСТОРОЖНО. Заменит вообще все точки, даже те, которые в путях/единицах измерения. Если проект не огромный, за пару минут можно поправить это. Sublime других решений не даёт, насколько я понимаю