Фокус кроется в том что именно будет рисовать эту строку. Т.е. если вы делаете System.out.println(\u0058\u0305); то консоль винды покажет 2 символа последовательно т.к. с юникодом работает крайне плохо, какаянибудь другая консоль типа маковской или линуксовой нестандартная может быть покажет как положено один надчеркнутый символ. Если это графический компонент то опять же все зависит от того насколько хорошо в нем реализована поддержка юникода.