Windows не даёт офичиального способа сменить тему програмно. Судя по всему, панель управления — единственный выход.
Решить проблему можно подождав, пока применится тема, а затем убить окно панели. Через cmd сделать это не факт, что можно, скорее всего придётся написать программу, находящую нужное окно и посылающую ему сообщение с просьбой закрыться.