С помощью галпа можно автоматизировать все этапы разработки, кроме написания кода. Главное понимать, что вам действительно нужно. Если вы хотите, чтобы все скрипты подключались одним файлом, можно собрать их все, конкатинировать и подключить один файл в шаблоне. Конкатинация, естественно, происходит автоматически, с помощью watch'a она может происходить сразу после установик плагина. Если файлы нужны по-отдельности, можно создать функцию, которая будет проверять наши bower-депенденси и вставлять тэги скрипт с нужными путями.
Советую посмотреть
этот подкаст, чтобы таких вопросов не возникало.