Наверное, у вас немного неправильно понимание архитектуры клиент-серверных приложений. JS исполняется в браузере, а PHP на сервере.
На тот момент, когда вам надо "менять значение переменной", сама переменная уже не хранится в памяти веб сервера, т.к. запрос УЖЕ был передан на клиентскую часть.
