Вы с техническими требованиями на СМЭВ ознакомились? Какие требования предъявляются к шифрованию и электронной подписи? Конкретно приведите здесь и возможно вы видите ответ. Можете заодно поискать и ознакомиться с законами регулирующими электронное взаимодействие государственных органов.
(Наводка, для обмена госорганов разрешается использование только сертифицированных крипто-средств.)