npm install socket.io --save
в папке node_modules появляется около 80 модулей.Это так и нужно или можно удалить все кроме нужного модуля?Так и нужно, ничего не удаляйте. У каждого модуля могут быть зависимости, у которых могут быть свои зависимости и так далее. Поэтому, обычно при установке одного модуля ставится несколько.
Может модули нужно ставить в нее?Туда ставятся глобальные модули - те, которые используются не в конкретном проекте, а вообще на вашем компьютере.