Документация не только для галочки, но и Вам в помощь, а значит второй вариант просто идиотизм. Если проект большой, к моменту его окончания Вы просто хрен вспомните что тот или иной метод делает. Так что только первый вариант. Второй допустим, если это очень маленький проект и документация тупо для галки.
Я уже молчу, что правильная документация и современная IDE помогают в процессе тупо автокомплитами и быстрой навигацией.