В рамках MEAN Express.js отвечает только за отдачу статики клиенту и обработку API-запросов.
В AngularJS (так называем первую версию) нет возможности запустить его в момент обработки запроса от браузера непосредственно к Express.js, дабы сформировать HTML, за который отвечает AngularJS, и отдать его клиенту.
Раз этого сделать нельзя - грустно машем платочком вслед поисковым ботам.
Universal позволяет запустить Angular2 приложение в момент обработки запроса Express.js, сформировать HTML на сервере, отдать этот HTML клиенту, на клиенте подцепить Angular2 приложение и продолжить работу с того состояния, в котором приложение находилось после рендера на сервере.