Я понимаю, что на уровне верстки - это не то решение, но про AJAX Вы ничего не слышали? Пагинация на уровне Bootstrap - это что-то странное. На нем должны быть отрисованны кнопки для пагинации и элементы.
Дальше есть два пути, или сервером, при чем, большинство web frameworks делают все сами из коробки, тогда AJAX не нужен. К этому можно добавить какой-то якорь в HTML, как уже посоветовали. А если страница большая и критично ее не перезагружать, то тогда нужен JavaScript, опять таки, есть библиотеки, которые это умеют делать и нужно только настроить. Из простого, у jQuery есть такое, по-моему, в jQuery UI.