Когда пользователь жмакает по ссылке создается request ajax в фаил php где написано echo"<script>alert();</script>. Response втавляется в элемент div на странице.
Среди этого ответа есть выражение . Вопрос как выполнить этот alert ?
единственный вариант как я вижу это выдавать json в котором будит тело которое будит вставляться в страницу и массив из функций которые нужно выполнить.
Если для запроса используете jQuery, то у метода ajax есть параметр dataType. Выставите его в значение "script". Должно сработать. Но вообще не самое хорошее решение.