Не очень хорошая идея делать безконтрольное обновление пакетов. Бывают случаи, когда не всё гладко проходит. Банально может быть мелкий баг, который исправят через пару часов, а вы уже обновились. И сайт какое-то время пролежал.
Из такой ситуации вижу пока один выход. Деать обновление, но сохранять номер версии рабочей. Если что-то перестаёт работать - откатываться на предыдущую версию.
А по самому процесс -
Вячеслав Плиско довольно чётко описал.