Не скажу за Java, сам на указанном стеке не работаю. На вскидку рекомендовал бы запустить через strace и посмотреть, куда он лезет. Как правило в ходе такого расследования становиться сразу понятно, что либо запущенной программе прав не хватает, либо лезет в неожиданную директорию (из-за того, что какие-то переменные оказались не инициализированными либо инициализированными неправильно.
