Лучше всё-таки через API собирать информацию.
Товары все находятся в общей таблице (и вообще все элементы всех инфоблоков), но свойства, в зависимости от настроек инфоблока, могут быть в общей таблице свойств, либо отдельно (Инфоблоки 2.0, хранение свойств — «в отдельной таблице»)