1. Вычислить центр из width() и height() table
2. Сделать table - reletive
3. Переместить квадраты, придав им position - absolute и координаты центра в left / top, задать z-index, если надо позиционировани их по оси Z
4. ну и перемещать их собственно через animation ( если jquery используется) или transition