sys_get_temp_dir() возвращает путь /var/tmp/, при том что в local value: upload_tmp_dir и session.save_path установлено совсем другое значение. Это баг или фича?
sys_get_temp_dir смотрит в настройку sys_temp_dir, если таковая объявлена.
upload_tmp_dir посмотрит в sys_get_temp_dir только если значение upload_tmp_dir не указано явно. Аналогично сессии.